相同之处：

1.公司章程与股东协议均为股东意志的表现。

2.公司章程与股东协议均体现了“契约”精神，其中公司章程是公司与股东、股东与股东间签订的一种特殊协议。

不同之处：

1.必要性不同。公司章程是设立公司不可或缺的法律文件。而股东协议并非设立公司必要文件。

2.适用法律不同。公司章程主要适用于《公司法》。而股东协议适用《民法典》的规定。

3.法律拘束力范围不同。公司章程是公司的“宪法”，一切内部组织安排与活动均受公司章程的约束，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员等全部人员均具有约束力。而股东协议具有相对性，仅对签订协议的各方股东具有约束力。

4.内容要求不同。公司章程内容《公司法》第二十五条已作出明确规定。而股东协议内容只要不违反法律强制性规定，股东均可自由约定。

5.私密性不同。公司章程是社会公众了解公司基本情况的重要工具，股东、投资者、债权人及一般社会公众均能够通过不同方式获悉公司章程内容。而股东协议仅为协议签订各方知悉，一般情况下未经协议签订各方透露，他人无从知悉。

6.生效时间不同。有限责任公司公司章程自全体股东在公司章程上签字后生效；发起设立的股份有限公司公司章程由发起人制定后生效；募集设立的股份有限公司公司章程经创立大会通过后生效。而股东协议一般情况下自协议各方签字就后生效。

7.修改程序不同。公司章程内容一经确定，非因法定事由并经法定程序不得修改，如进行修改，修改后必须办理向工商管理部门办理变更登记。而股东协议修改由协议各方股东一致同意即可。

8.失效时间不同。如公司未成立，公司章程失效时间为公司设立失败之时；如公司设立成功，公司章程失效时间为公司终止之时。而股东协议的失效时间由协议各方股东自行约定。

1.股东内部争议，以股东真实意思表示为准

（1）签订时间：以后者为准。公司章程与股东协议不一致的，订立在后的可视为对订立在前的变更和修订，因此一般情况下以最后订立的为准。

（2）实际履行：以实际行为适用为准。如股东实际履行适用公司章程，以公司章程为准；如股东实际履行适用股东协议，以股东协议为准。

（3）有约定：以约定为准。如公司章程中约定“在章程订立之前或之后签署的任何股东协议与本章程不一致的，以本章程为准”，则以公司章程为准；如股东协议中约定“本协议与公司章程不一致的内容，以本协议为准”，则以股东协议为准；如均进行约定，司法实践中认为股东协议应当让位于公司章程。

2.股东与第三人间的争议，以公司章程为准

根据商事外观主义及登记原则，由于公司章程在公司登记机关备案登记，具有公示性，股东以外的债权人以及其他社会公众仅能依据公司章程了解公司运行情况，因而当两者冲突时，应以公司章程为准。

1.如股东协议与公司章程不一致，公司章程应尽可能吸收股东协议内容，并及时办理公司章程变更及登记手续，以达到股东协议与公司章程一致的结果。

2.公司章程或股东协议应当结合实际情况择一注明：在公司章程中注明“在章程订立之前或之后签署的任何股东协议与本章程不一致的，以本章程为准”；或在股东协议中注明“本协议与公司章程不一致的内容，以本协议为准”。尽可能减少不必要的争议。以上内容由江西心者律师事务所股权律师提供！